Kênh Cái Mây có chiều dài khoảng 3 km, chiều rộng khoảng 15 m. Trên hệ thống kênh Cái Mây tiến hành thu sáu điểm (p2 đến p7) và hai điểm ở hai kênh tiếp giáp hai đầu với kênh Cái Mây (p1, p8). Hai điểm này dùng để so sánh với các điểm trên kênh Cái Mây. Thời gian thu mẫu chia làm hai đợt: đợt 1, đầu mùa mưa (tháng 6 năm 2008). Đây là thời gian các cống ở khu vực Bắc Vàm Nao mở để nạp nước vào nội đồng; đợt 2, cuối mùa mưa (tháng 11 năm 2008). Thời gian này các cống nạp nước đóng lại để tiêu nước trong nội đồng.

Sau thời gian thực hiện nghiên cứu đánh giá chất lượng nước vào chỉ số quan trắc sinh học BMWP Việt Nam cho thấy, chất lượng nước ở các điểm đều rất bẩn (trừ điểm 1 và điểm 8 vào đầu tháng 6 là ở mức khá bẩn). Vào cuối mùa mưa chất lượng nước kém hơn ở đầu mùa mưa. Điều này được chứng minh bởi chất lượng nước ở điểm 1 và điểm 8 từ dạng nhiễm bẩn vừa vào tháng 6 đã trở nên rất bẩn vào tháng 11. Vào tháng 11, các cống của hệ thống đê bao đều đóng lại để đảm bảo mực nước trong nội đồng (3,5 m), nên khả năng trao đổi nước bên trong nội đồng vào thời gian này kém. Do đó, chất lượng nước vào cuối mùa mưa kém hơn đầu mùa mưa.