
Do ở sâu dưới lòng đất nên nước giếng khoan thường có nhiều muối vô cơ nhiều nhất là sắt, mangan, canxi, magie,... có màu và mùi tanh đặc trưng, rất ít tạp chất hữu cơ , hầu như không ngậm oxy và thường khá trong. Giếng nông hoặc ở nơi bị ô nhiễm có thể nhiễm các độc chất như asen, chì, thuốc bảo vệ thực vật, chất hữu cơ, độc khí và độc khuẩn,... loại nước này đôi khi có màu và thường đục hơn.